home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1995 March / macformat-022.iso / Shareware City / Science / RasMol2 / README < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-10-28  |  4.4 KB  |  79 lines  |  [TEXT/ttxt]
  1.  
  2.  
  3.                             RasMol 2.5
  4.               Molecular Graphics Visualisation tool.
  5.  
  6.                            Roger Sayle 
  7.                   BioMolecular Structures Group
  8.                    Glaxo Research & Development
  9.                      Greenford, Middlesex, UK.
  10.                             June 1994
  11.  
  12.  
  13.     RasMol is a molecular graphics program intended for the visualisation 
  14. of proteins, nucleic acids and small molecules. The program is aimed at 
  15. display, teaching and generation of publication quality images. The program 
  16. has been developed at the University of Edinburgh's Biocomputing Research 
  17. Unit and the Biomolecular Structures Group at Glaxo Research and Development, 
  18. Greenford, UK. 
  19.  
  20.     RasMol reads in molecular co-ordinate files in a number of formats and
  21. interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour
  22. schemes and representations. Currently supported input file formats include
  23. Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos' Alchemy and Sybyl Mol2 formats,
  24. Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer
  25. Center's (MSC) XMol XYZ format and CHARMm format files. If connectivity
  26. information and/or secondary structure information is not contained in the
  27. file this is calculated automatically. The loaded molecule may be shown as
  28. wireframe, cylinder (drieding) stick bonds, alpha-carbon trace, spacefilling
  29. (CPK) spheres, macromolecular ribbons (either smooth shaded solid ribbons
  30. or parallel strands), hydrogen bonding and dot surface. Atoms may also be
  31. labelled with arbitrary text strings. Different parts of the molecule may be
  32. displayed and coloured independently of the rest of the molecule or shown in
  33. different representations simultaneously. The space filling spheres can even
  34. be shadowed. The displayed molecule may be rotated, translated, zoomed, 
  35. z-clipped (slabbed) interactively using either the mouse, the scroll bars, 
  36. the command line or an attached dials box. RasMol can read a prepared list 
  37. of commands from a `script' file (or via interprocess communication) to 
  38. allow a given image or viewpoint to be restored quickly. RasMol can also
  39. create a script file containing the commands required to regenerate the 
  40. current image. Finally the rendered image may be written out in a variety 
  41. of formats including both raster and vector PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT,
  42. Sun rasterfile or as a MolScript input script or Kinemage.
  43.  
  44.     RasMol will run on a wide range of architectures and systems including 
  45. SGI, sun4, sun3, sun386i, SGI, DEC, HP and E&S workstations, IBM RS/6000, 
  46. Cray, Sequent, DEC Alpha (OSF/1, OpenVMS and Windows NT), IBM PC (under 
  47. Microsoft Windows, Windows NT, OS/2, Linux, BSD386 and *BSD), Apple 
  48. Machintosh (System 7.0 or later), PowerMac and VAX VMS (under DEC Windows).
  49. UNIX and VMS versions require an 8bit, 24bit or 32bit X Windows frame 
  50. buffer (X11R4 or later). The X Windows version of RasMol provides optional 
  51. support for a hardware dials box and accelerated shared memory rendering 
  52. (via the XInput and MIT-SHM extensions) if available.
  53.  
  54.     The source code is public domain and freely distributable provided that
  55. the original author is suitably acknowledged. The complete source code and
  56. user documentation may be obtained by anonymous FTP from ftp.dcs.ed.ac.uk
  57. [129.215.160.5] in the directory /pub/rasmol. The source code, documentation
  58. and Microsoft Windows executables are stored in several files appropriate
  59. for the receiving operating system. Please read the "README" file in the
  60. distribution directory. UNIX and VAX systems should retreive either 
  61. RasMol2.tar.Z, RasMol2.tar.gz. Apple Mac users should retrieve RasMac.sit.hqx.
  62. Microsoft Windows users should retrieve RasWin.zip and optionally the Visual
  63. Basic package RasMenu.zip. All these files include source code, on-line help,
  64. user manual and reference card. RasMac.sit.hqx, RasWin.zip and RasMenu.zip
  65. also contain executables for the required platform. Please remember to use 
  66. "binary" mode when transferring these files between systems. Check that the 
  67. file size is the same before and after transfer.
  68.  
  69.     Any comments, suggestions or questions about the package may be directed
  70. to the author at "rasmol@ggr.co.uk".
  71.  
  72. Roger
  73. -- 
  74. Roger Sayle,                       INTERNET:  ras32425@ggr.co.uk
  75. Glaxo Research & Development (GRD)            ros@dcs.ed.ac.uk
  76. Greenford Road, Greenford          Tel:   (+44) 081 966 3567 (direct line)
  77. Middlesex UB6 0HE, UK.             Fax:   (+44) 081 966 4476
  78.  
  79.